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善化区在清朝时名台南府安平县湾里街设“巡司”统辖。甲午战争割让台湾后，日治时期:1895年(明治28年)改为“曾文兵站司令部”，管辖分为善化里东堡及西堡为行政管理区域。1896年(明治29年)地区划归于“曾文宪兵屯兵所”，同年实施民政改为“台南市湾里办务署”。1898年(明治31年)编入大目降(新化)办务署，改为“湾里办务支署”。1900年(明治33年)实施街庄社制度，分善化东区及西区，设区长统辖。1902年(明治35年)实施地方制度。两区合并为“善化庄”置庄役场。1940年(昭和15年)6月17日升格为“善化街”设街役场。 二战后国民于1946年(民国35年)1月20日台湾省乡镇组织规程实施改为善化区，设善化区公所，本区划分21里。

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